Add Environment documentation (Jupyter)

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2017-09-25 16:39:58 -04:00 · 2017-09-25 16:39:58 -04:00 · ac97eb8bdc
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commit ac97eb8bdc
5 changed files with 859 additions and 2 deletions
--- a/docs/guide/environment.ipynb
+++ b/docs/guide/environment.ipynb
@ -0,0 +1,850 @@
+{
+ "cells": [
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 6,
+   "metadata": {
+    "collapsed": true,
+    "nbsphinx": "hidden"
+   },
+   "outputs": [],
+   "source": [
+    "# Delete this cell to re-enable tracebacks\n",
+    "import sys\n",
+    "ipython = get_ipython()\n",
+    "\n",
+    "def hide_traceback(exc_tuple=None, filename=None, tb_offset=None,\n",
+    "                   exception_only=False, running_compiled_code=False):\n",
+    "    etype, value, tb = sys.exc_info()\n",
+    "    return ipython._showtraceback(etype, value, ipython.InteractiveTB.get_exception_only(etype, value))\n",
+    "\n",
+    "ipython.showtraceback = hide_traceback"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "## Using Environments\n",
+    "\n",
+    "An ``Environment`` object makes it easier to use STIX 2 content as part of a larger application or ecosystem. It allows you to abstract away the nasty details of sending and receiving STIX data, and to create STIX objects with default values for common properties.\n",
+    "\n",
+    "### Storing and Retrieving STIX Content\n",
+    "\n",
+    "An ``Environment`` can be set up with a ``DataStore`` if you want to store and retrieve STIX content from the same place. "
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 11,
+   "metadata": {
+    "collapsed": true
+   },
+   "outputs": [],
+   "source": [
+    "from stix2 import Environment, MemoryStore\n",
+    "\n",
+    "env = Environment(store=MemoryStore())"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "If desired, you can instead set up an ``Environment`` with different data sources and sinks. In the following example we set up an environment that retrieves objects from memory and a directory on the filesystem, and stores objects in a different directory on the filesystem."
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 2,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "ename": "RuntimeError",
+     "evalue": "maximum recursion depth exceeded while calling a Python object",
+     "output_type": "error",
+     "traceback": [
+      "\u001b[0;31m---------------------------------------------------------------------------\u001b[0m",
+      "\u001b[0;31mRuntimeError\u001b[0m                              Traceback (most recent call last)",
+      "\u001b[0;32m<ipython-input-2-3626306f12b3>\u001b[0m in \u001b[0;36m<module>\u001b[0;34m()\u001b[0m\n\u001b[1;32m      2\u001b[0m \u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m      3\u001b[0m \u001b[0msrc\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0mCompositeDataSource\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m----> 4\u001b[0;31m \u001b[0msrc\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0madd_data_source\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m[\u001b[0m\u001b[0mMemorySource\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mFileSystemSource\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m\"stix_source\"\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m]\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m      5\u001b[0m env = Environment(source=src,\n\u001b[1;32m      6\u001b[0m                   sink=FileSystemSink(\"stix_sink\"))\n",
+      "\u001b[0;32m/home/lu/Projects/cti-python-stix2/stix2/sources/filesystem.pyc\u001b[0m in \u001b[0;36m__init__\u001b[0;34m(self, stix_dir)\u001b[0m\n\u001b[1;32m     63\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0m__init__\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mstix_dir\u001b[0m\u001b[0;34m=\u001b[0m\u001b[0;34m\"stix_data\"\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m     64\u001b[0m         \u001b[0msuper\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mFileSystemSource\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0m__init__\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m---> 65\u001b[0;31m         \u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mstix_dir\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0mos\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mpath\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mabspath\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mstix_dir\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m     66\u001b[0m \u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m     67\u001b[0m         \u001b[0;31m# check directory path exists\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
+      "\u001b[0;32m/home/lu/Projects/cti-python-stix2/stix2/sources/filesystem.pyc\u001b[0m in \u001b[0;36mstix_dir\u001b[0;34m(self, dir)\u001b[0m\n\u001b[1;32m     75\u001b[0m     \u001b[0;34m@\u001b[0m\u001b[0mstix_dir\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0msetter\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m     76\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0mstix_dir\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mdir\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m---> 77\u001b[0;31m         \u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mstix_dir\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0mdir\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m     78\u001b[0m \u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m     79\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0mget\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mstix_id\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0m_composite_filters\u001b[0m\u001b[0;34m=\u001b[0m\u001b[0mNone\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
+      "\u001b[0;32m/home/lu/Projects/cti-python-stix2/stix2/sources/filesystem.pyc\u001b[0m in \u001b[0;36mstix_dir\u001b[0;34m(self, dir)\u001b[0m\n\u001b[1;32m     75\u001b[0m     \u001b[0;34m@\u001b[0m\u001b[0mstix_dir\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0msetter\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m     76\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0mstix_dir\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mdir\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m---> 77\u001b[0;31m         \u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mstix_dir\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0mdir\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m     78\u001b[0m \u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m     79\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0mget\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mstix_id\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0m_composite_filters\u001b[0m\u001b[0;34m=\u001b[0m\u001b[0mNone\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
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+      "\u001b[0;32m/home/lu/Projects/cti-python-stix2/stix2/sources/filesystem.pyc\u001b[0m in \u001b[0;36mstix_dir\u001b[0;34m(self, dir)\u001b[0m\n\u001b[1;32m     75\u001b[0m     \u001b[0;34m@\u001b[0m\u001b[0mstix_dir\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0msetter\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m     76\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0mstix_dir\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mdir\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m---> 77\u001b[0;31m         \u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mstix_dir\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0mdir\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m     78\u001b[0m \u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m     79\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0mget\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mstix_id\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0m_composite_filters\u001b[0m\u001b[0;34m=\u001b[0m\u001b[0mNone\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
+      "\u001b[0;31mRuntimeError\u001b[0m: maximum recursion depth exceeded while calling a Python object"
+     ]
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "from stix2 import CompositeDataSource, FileSystemSink, FileSystemSource, MemorySource\n",
+    "\n",
+    "src = CompositeDataSource()\n",
+    "src.add_data_source([MemorySource(), FileSystemSource(\"stix_source\")])\n",
+    "env2 = Environment(source=src,\n",
+    "                   sink=FileSystemSink(\"stix_sink\"))"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "Once you have an ``Environment`` you can store some STIX content in it with ``add()``:"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 3,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "ename": "KeyError",
+     "evalue": "'objects'",
+     "output_type": "error",
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+      "\u001b[0;31mKeyError\u001b[0m                                  Traceback (most recent call last)",
+      "\u001b[0;32m<ipython-input-3-1926a8167416>\u001b[0m in \u001b[0;36m<module>\u001b[0;34m()\u001b[0m\n\u001b[1;32m      4\u001b[0m                       \u001b[0mlabels\u001b[0m\u001b[0;34m=\u001b[0m\u001b[0;34m[\u001b[0m\u001b[0;34m\"malicious-activity\"\u001b[0m\u001b[0;34m]\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m      5\u001b[0m                       pattern=\"[file:hashes.md5 = 'd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e']\")\n\u001b[0;32m----> 6\u001b[0;31m \u001b[0menv\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0madd\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mindicator\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m",
+      "\u001b[0;32m/home/lu/Projects/cti-python-stix2/stix2/environment.pyc\u001b[0m in \u001b[0;36madd\u001b[0;34m(self, *args, **kwargs)\u001b[0m\n\u001b[1;32m    147\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0madd\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0;34m*\u001b[0m\u001b[0margs\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0;34m**\u001b[0m\u001b[0mkwargs\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m    148\u001b[0m         \u001b[0;32mtry\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m--> 149\u001b[0;31m             \u001b[0;32mreturn\u001b[0m \u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0msink\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0madd\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m*\u001b[0m\u001b[0margs\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0;34m**\u001b[0m\u001b[0mkwargs\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m    150\u001b[0m         \u001b[0;32mexcept\u001b[0m \u001b[0mAttributeError\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m    151\u001b[0m             \u001b[0;32mraise\u001b[0m \u001b[0mAttributeError\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m'Environment has no data sink to put objects in'\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
+      "\u001b[0;32m/home/lu/Projects/cti-python-stix2/stix2/sources/memory.pyc\u001b[0m in \u001b[0;36madd\u001b[0;34m(self, stix_data)\u001b[0m\n\u001b[1;32m     96\u001b[0m         \"\"\"\n\u001b[1;32m     97\u001b[0m         \"\"\"\n\u001b[0;32m---> 98\u001b[0;31m         \u001b[0m_add\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mstix_data\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m     99\u001b[0m \u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m    100\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0msave_to_file\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mfile_path\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
+      "\u001b[0;32m/home/lu/Projects/cti-python-stix2/stix2/sources/memory.pyc\u001b[0m in \u001b[0;36m_add\u001b[0;34m(store, stix_data)\u001b[0m\n\u001b[1;32m     35\u001b[0m         \u001b[0;31m# stix objects are in a bundle\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m     36\u001b[0m         \u001b[0;31m# make dictionary of the objects for easy lookup\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m---> 37\u001b[0;31m         \u001b[0;32mfor\u001b[0m \u001b[0mstix_obj\u001b[0m \u001b[0;32min\u001b[0m \u001b[0mstix_data\u001b[0m\u001b[0;34m[\u001b[0m\u001b[0;34m\"objects\"\u001b[0m\u001b[0;34m]\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m     38\u001b[0m             \u001b[0mstore\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mdata\u001b[0m\u001b[0;34m[\u001b[0m\u001b[0mstix_obj\u001b[0m\u001b[0;34m[\u001b[0m\u001b[0;34m\"id\"\u001b[0m\u001b[0;34m]\u001b[0m\u001b[0;34m]\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0mstix_obj\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m     39\u001b[0m     \u001b[0;32melif\u001b[0m \u001b[0misinstance\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mstix_data\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mlist\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
+      "\u001b[0;32m/home/lu/Projects/cti-python-stix2/stix2/base.pyc\u001b[0m in \u001b[0;36m__getitem__\u001b[0;34m(self, key)\u001b[0m\n\u001b[1;32m    126\u001b[0m \u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m    127\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0m__getitem__\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mkey\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m--> 128\u001b[0;31m         \u001b[0;32mreturn\u001b[0m \u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0m_inner\u001b[0m\u001b[0;34m[\u001b[0m\u001b[0mkey\u001b[0m\u001b[0;34m]\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m    129\u001b[0m \u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m    130\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0m__iter__\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
+      "\u001b[0;31mKeyError\u001b[0m: 'objects'"
+     ]
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "from stix2 import Indicator\n",
+    "\n",
+    "indicator = Indicator(id=\"indicator--01234567-89ab-cdef-0123-456789abcdef\",\n",
+    "                      labels=[\"malicious-activity\"],\n",
+    "                      pattern=\"[file:hashes.md5 = 'd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e']\")\n",
+    "env.add(indicator)"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "You can retrieve STIX objects from the DataSources in the Environment with ``get()``, ``query()``, and ``all_versions()``, just as you would for a DataSource."
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 4,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "ename": "IndexError",
+     "evalue": "list index out of range",
+     "output_type": "error",
+     "traceback": [
+      "\u001b[0;31m---------------------------------------------------------------------------\u001b[0m",
+      "\u001b[0;31mIndexError\u001b[0m                                Traceback (most recent call last)",
+      "\u001b[0;32m<ipython-input-4-8cc9a41fe489>\u001b[0m in \u001b[0;36m<module>\u001b[0;34m()\u001b[0m\n\u001b[0;32m----> 1\u001b[0;31m \u001b[0;32mprint\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0menv\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mget\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m\"indicator--01234567-89ab-cdef-0123-456789abcdef\"\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m",
+      "\u001b[0;32m/home/lu/Projects/cti-python-stix2/stix2/environment.pyc\u001b[0m in \u001b[0;36mget\u001b[0;34m(self, *args, **kwargs)\u001b[0m\n\u001b[1;32m    108\u001b[0m     \u001b[0;32mdef\u001b[0m \u001b[0mget\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0;34m*\u001b[0m\u001b[0margs\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0;34m**\u001b[0m\u001b[0mkwargs\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m    109\u001b[0m         \u001b[0;32mtry\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m--> 110\u001b[0;31m             \u001b[0;32mreturn\u001b[0m \u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0msource\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mget\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m*\u001b[0m\u001b[0margs\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0;34m**\u001b[0m\u001b[0mkwargs\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m    111\u001b[0m         \u001b[0;32mexcept\u001b[0m \u001b[0mAttributeError\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m    112\u001b[0m             \u001b[0;32mraise\u001b[0m \u001b[0mAttributeError\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m'Environment has no data source to query'\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
+      "\u001b[0;32m/home/lu/Projects/cti-python-stix2/stix2/sources/__init__.pyc\u001b[0m in \u001b[0;36mget\u001b[0;34m(self, stix_id, _composite_filters)\u001b[0m\n\u001b[1;32m    381\u001b[0m         \u001b[0;31m# for every configured Data Source, call its retrieve handler\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m    382\u001b[0m         \u001b[0;32mfor\u001b[0m \u001b[0mds_id\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mds\u001b[0m \u001b[0;32min\u001b[0m \u001b[0miteritems\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mdata_sources\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m--> 383\u001b[0;31m             \u001b[0mdata\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0mds\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mget\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mstix_id\u001b[0m\u001b[0;34m=\u001b[0m\u001b[0mstix_id\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0m_composite_filters\u001b[0m\u001b[0;34m=\u001b[0m\u001b[0mlist\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mfilters\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m    384\u001b[0m             \u001b[0mall_data\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mappend\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mdata\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m    385\u001b[0m \u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
+      "\u001b[0;32m/home/lu/Projects/cti-python-stix2/stix2/sources/memory.pyc\u001b[0m in \u001b[0;36mget\u001b[0;34m(self, stix_id, _composite_filters)\u001b[0m\n\u001b[1;32m    141\u001b[0m \u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m    142\u001b[0m         \u001b[0;31m# reduce to most recent version\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m--> 143\u001b[0;31m         \u001b[0mstix_obj\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0msorted\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mall_data\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mkey\u001b[0m\u001b[0;34m=\u001b[0m\u001b[0;32mlambda\u001b[0m \u001b[0mk\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m \u001b[0mk\u001b[0m\u001b[0;34m[\u001b[0m\u001b[0;34m'modified'\u001b[0m\u001b[0;34m]\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m[\u001b[0m\u001b[0;36m0\u001b[0m\u001b[0;34m]\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m    144\u001b[0m \u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m    145\u001b[0m         \u001b[0;32mreturn\u001b[0m \u001b[0mstix_obj\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
+      "\u001b[0;31mIndexError\u001b[0m: list index out of range"
+     ]
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "print(env.get(\"indicator--01234567-89ab-cdef-0123-456789abcdef\"))"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "metadata": {
+    "collapsed": true
+   },
+   "outputs": [],
+   "source": []
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "### Creating STIX Objects With Defaults\n",
+    "\n",
+    "To create STIX objects with default values for certain properties, use an ``ObjectFactory``. For instance, say we want all objects we create to have a ``created_by_ref`` property pointing to the ``Identity`` object representing our organization."
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 10,
+   "metadata": {
+    "collapsed": true
+   },
+   "outputs": [],
+   "source": [
+    "from stix2 import Indicator, ObjectFactory\n",
+    "\n",
+    "factory = ObjectFactory(created_by_ref=\"identity--311b2d2d-f010-5473-83ec-1edf84858f4c\")"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {
+    "collapsed": true
+   },
+   "source": [
+    "Once you've set up the Object Factory, use its ``create()`` method, passing in the class for the type of object you wish to create, followed by the other properties and their values for the object."
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 7,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "name": "stdout",
+     "output_type": "stream",
+     "text": [
+      "{\n",
+      "    \"type\": \"indicator\",\n",
+      "    \"id\": \"indicator--8e7c5051-1ebb-467a-a22c-775e0e7a6658\",\n",
+      "    \"created_by_ref\": \"identity--311b2d2d-f010-5473-83ec-1edf84858f4c\",\n",
+      "    \"created\": \"2017-09-25T20:27:00.267Z\",\n",
+      "    \"modified\": \"2017-09-25T20:27:00.267Z\",\n",
+      "    \"labels\": [\n",
+      "        \"malicious-activity\"\n",
+      "    ],\n",
+      "    \"pattern\": \"[file:hashes.md5 = 'd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e']\",\n",
+      "    \"valid_from\": \"2017-09-25T20:27:00.267261Z\"\n",
+      "}\n"
+     ]
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "ind = factory.create(Indicator,\n",
+    "                     labels=[\"malicious-activity\"],\n",
+    "                     pattern=\"[file:hashes.md5 = 'd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e']\")\n",
+    "print(ind)"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {
+    "collapsed": true
+   },
+   "source": [
+    "All objects we create with that ``ObjectFactory`` will automatically get the default value for ``created_by_ref``. These are the properties for which defaults can be set:\n",
+    "\n",
+    "- ``created_by_ref``\n",
+    "- ``created``\n",
+    "- ``external_references``\n",
+    "- ``object_marking_refs``\n",
+    "\n",
+    "These defaults can be bypassed. For example, say you have an ``Environment`` with multiple default values but want to create an object with a different value for ``created_by_ref``, or none at all."
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 12,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "name": "stdout",
+     "output_type": "stream",
+     "text": [
+      "{\n",
+      "    \"type\": \"indicator\",\n",
+      "    \"id\": \"indicator--1959a776-5679-4f0e-b20e-d4526912a13d\",\n",
+      "    \"created\": \"2017-09-25T18:07:46.255Z\",\n",
+      "    \"modified\": \"2017-09-25T18:07:46.255Z\",\n",
+      "    \"labels\": [\n",
+      "        \"malicious-activity\"\n",
+      "    ],\n",
+      "    \"pattern\": \"[file:hashes.md5 = 'd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e']\",\n",
+      "    \"valid_from\": \"2017-09-25T20:34:58.317648Z\"\n",
+      "}\n"
+     ]
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "factory2 = ObjectFactory(created_by_ref=\"identity--311b2d2d-f010-5473-83ec-1edf84858f4c\",\n",
+    "                         created=\"2017-09-25T18:07:46.255472Z\")\n",
+    "env2 = Environment(factory=factory2)\n",
+    "\n",
+    "ind2 = env2.create(Indicator,\n",
+    "                   created_by_ref=None,\n",
+    "                   labels=[\"malicious-activity\"],\n",
+    "                   pattern=\"[file:hashes.md5 = 'd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e']\")\n",
+    "print(ind2)"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 13,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "name": "stdout",
+     "output_type": "stream",
+     "text": [
+      "{\n",
+      "    \"type\": \"indicator\",\n",
+      "    \"id\": \"indicator--640dd598-983b-4644-8136-ca6f1e36ae33\",\n",
+      "    \"created_by_ref\": \"identity--962cabe5-f7f3-438a-9169-585a8c971d12\",\n",
+      "    \"created\": \"2017-09-25T18:07:46.255Z\",\n",
+      "    \"modified\": \"2017-09-25T18:07:46.255Z\",\n",
+      "    \"labels\": [\n",
+      "        \"malicious-activity\"\n",
+      "    ],\n",
+      "    \"pattern\": \"[file:hashes.md5 = 'd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e']\",\n",
+      "    \"valid_from\": \"2017-09-25T20:35:22.338315Z\"\n",
+      "}\n"
+     ]
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "ind3 = env2.create(Indicator,\n",
+    "                       created_by_ref=\"identity--962cabe5-f7f3-438a-9169-585a8c971d12\",\n",
+    "                       labels=[\"malicious-activity\"],\n",
+    "                       pattern=\"[file:hashes.md5 = 'd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e']\")\n",
+    "print(ind3)"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {
+    "collapsed": true
+   },
+   "source": [
+    "For the full power of the Environment layer, create an Environment with both a DataStore/Source/Sink and an Object Factory:"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 14,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "ename": "AttributeError",
+     "evalue": "__exit__",
+     "output_type": "error",
+     "traceback": [
+      "\u001b[0;31m---------------------------------------------------------------------------\u001b[0m",
+      "\u001b[0;31mAttributeError\u001b[0m                            Traceback (most recent call last)",
+      "\u001b[0;32m<ipython-input-14-dbe0e1a10d8c>\u001b[0m in \u001b[0;36m<module>\u001b[0;34m()\u001b[0m\n\u001b[1;32m      1\u001b[0m environ = Environment(ObjectFactory(created_by_ref=\"identity--311b2d2d-f010-5473-83ec-1edf84858f4c\"),\n\u001b[1;32m      2\u001b[0m                       MemoryStore())\n\u001b[0;32m----> 3\u001b[0;31m \u001b[0;32mwith\u001b[0m \u001b[0menviron\u001b[0m \u001b[0;32mas\u001b[0m \u001b[0menv\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m      4\u001b[0m     i = env.create(Indicator,\n\u001b[1;32m      5\u001b[0m                    \u001b[0mlabels\u001b[0m\u001b[0;34m=\u001b[0m\u001b[0;34m[\u001b[0m\u001b[0;34m\"malicious-activity\"\u001b[0m\u001b[0;34m]\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
+      "\u001b[0;31mAttributeError\u001b[0m: __exit__"
+     ]
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "environ = Environment(ObjectFactory(created_by_ref=\"identity--311b2d2d-f010-5473-83ec-1edf84858f4c\"),\n",
+    "                      MemoryStore())\n",
+    "\n",
+    "i = environ.create(Indicator,\n",
+    "                   labels=[\"malicious-activity\"],\n",
+    "                   pattern=\"[file:hashes.md5 = 'd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e']\")\n",
+    "environ.add(i)\n",
+    "print(environ.get(i.id))"
+   ]
+  }
+ ],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 2",
+   "language": "python",
+   "name": "python2"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 2
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython2",
+   "version": "2.7.12"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}
--- a/stix2/common.py
+++ b/stix2/common.py
@ -1,4 +1,4 @@
-"""STIX 2 Common Data Types and Properties"""
+"""STIX 2 Common Data Types and Properties."""

 from collections import OrderedDict

--- a/stix2/exceptions.py
+++ b/stix2/exceptions.py
@ -1,3 +1,7 @@
+"""STIX 2 error classes.
+"""
+
+
 class STIXError(Exception):
    """Base class for errors generated in the stix2 library."""

--- a/stix2/markings/init.py
+++ b/stix2/markings/init.py
@ -1,5 +1,5 @@
 """
-Python STIX 2.0 Data Markings API.
+Functions and classes for working with STIX 2 Data Markings.

 These high level functions will operate on both object level markings and
 granular markings unless otherwise noted in each of the functions.
--- a/stix2/patterns.py
+++ b/stix2/patterns.py
@ -1,3 +1,6 @@
+"""Classes to aid in working with the STIX 2 patterning language.
+"""
+
 import base64
 import binascii
 import re